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      DNA建庫中PCR擴增子建庫方法應用相對較少的原因

      發布時間:2021-08-30      點擊次數:459
         DNA建庫方法是分子生物學的實驗原理,其本質就是在待測片段兩端加上接頭的過程。目前DNA建庫方法按照接頭連接方式不同可分為五類:TA克隆連接接頭建庫、Swift法建庫、轉座酶法建庫、PCR擴增子建庫、平末端連接接頭建庫。
        其中平末端連接接頭的方法基于Ion Torrent平臺。與Illumina平臺類似,Ion Torrent平臺的文庫構建目的也是在片段化好的DNA片段兩端加上特定接頭,該方法一般包括4個步驟:DNA樣本片段化、末端修復,連接adapter(PI和A/P1和X),選擇性回收DNA片段,文庫PCR富集,純化PCR產物。
        需要注意的是:在Ion Torrent平臺構建好的文庫通過油包水PCR種到測序柱子上,文庫中的X或A接頭是測序起始端,而P1接頭是是連到測序珠子的這一端。與Illumina通過采集熒光信號記錄記錄堿基序列的方法不同,Ion Torrent的測序是通過微環境中pH值短暫的下降被pH電極檢測到并且把測得的值傳給計算機記錄。
        綜上,NGS建庫可以按照接頭加入目的片段的不同分為5種,其中TA克隆連接接頭建庫法應用最廣泛,適用于絕大多數樣本建庫,是目前商業化建庫方式的主流;Swift法與TA克隆連接接頭法類似,操作上相對繁瑣,P5接頭和P7接頭是分兩步連接上的;
        轉座酶法只需1h 40min即可完成文庫構建,可以節省大量的人力,但是在應用上只適用于cDNA和全基因組等文庫的構建,且轉座酶本身具有偏好性,對后續的測序質量會有一定的影響;
        PCR擴增子建庫是捕獲建庫的一種,適用于臨床背景下靶向基因的研究,平末端連接接頭建庫適用于Ion Torrent平臺,Ion Torrent市場占有率相對較低,所以此建庫方法應用范圍相對較少。

      DNA建庫

       

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